Podatnikom, którzy są płatnikami podatku VAT, Ewidencja VAT pozwala na wprowadzanie dokumentów do Rejestrów VAT. Dokumenty z Ewidencji VAT są przenoszone do Księgi Handlowej, Księgi przychodów i rozchodów lub Ewidencji ryczałtowej. Na podstawie dokumentów w Ewidencji VAT program drukuje rejestry VAT oraz automatycznie generuje deklaracje VAT-7 wraz z załącznikiem VAT‑ZD, VAT-UE, VAT-8, VAT-9M, VAT-27, VIU-DO, a także pliki JPK_VAT, JPK_FA oraz JPK_V7.
Rejestry VAT
Rejestry VAT można wyświetlić poprzez wciśnięcie przycisku Rejestry VAT w Menu Nawigacji Comarch ERP Optima/ Rejestry VAT lub poprzez wywołanie z menu programu Rejestry VAT/ Rejestry VAT.
Ewidencja VAT dzieli się na dwa podstawowe rejestry:
- Rejestr Zakupu VAT,
- Rejestr Sprzedaży VAT.
W oknie zawierającym listę rejestrów VAT – rejestry te są wyróżnione poprzez zakładki pionowe.
Uwaga
Rejestry Sprzedaży i Zakupu VAT posiadają wiele cech wspólnych, mają takie same zakładki i takie same operacje można dokonać na każdym z nich, dlatego zostaną one omówione tylko raz.
Program pozwala na tworzenie dowolnej ilości podrejestrów VAT, zarówno w ramach Rejestru Sprzedaży, jak i Zakupu. W razie potrzeby wybrany podrejestr można następnie ustawić jako nieaktywny w Konfiguracji Firmy/ Księgowość/ Rejestry Sprzedaży VAT i Rejestry Zakupów VAT. Nieaktywny rejestr nie jest dostępny na rozwijanych listach w obrębie Rejestru VAT, ale dokumenty wprowadzone do nieaktywnego rejestru są widoczne na liście.
Niezależnie od wyboru zakładki pionowej (oznaczającej Rejestr Zakupów lub Sprzedaży), na oknie listy zapisów w rejestrze VAT znajdują się cztery zakładki poziome:
Wszystkie zakładki bezpośrednio wpływają na sposób prezentowanych danych i możliwe do wykonania funkcje.
Z poziomu listy faktur lub z poziomu otwartego formularza faktury po wybraniu ikony 
z paska menu dostępna jest lista dokumentów rozliczających. Okno to jest podnoszone wyłącznie dla dokumentów całkowicie lub częściowo rozliczonych.
Po wybraniu ikony 
z paska menu dla dowolnej zakładki [Rejestru VAT] dostępna jest funkcja kontroli duplikacji. Po uruchomieniu kontroli podnosi się okienko z zakresem dat i listą parametrów kontroli.
Parametry kontroli duplikacji w rejestrze VAT
Jeśli parametr Zakres dat zaznaczony – kontrola działa wg zakresu dat (zakres dat przejmowany jest z listy zapisów rejestru VAT). Jeśli parametr odznaczony to działa dla wszystkich zapisów w rejestrach VAT bez względu na datę.
Parametry kontroli są te same co w konfiguracji i zaznaczone jak w konfiguracji. Można jednak zaznaczyć dowolne inne parametry (minimum dwa) i sprawdzić kontrolę po tych parametrach. Ikona pioruna oraz klawisz
Ponowne otwarcie kontroli podpowiada tylko ostatnie ustawienia parametrów kontroli, bez parametru zaznaczenia/odznaczenia zakresu dat.
Z poziomu listy oraz z poziomu otwartego formularza dokumentu, na pasku menu dostępna jest ikona 
odwołująca się do zapisu księgowego w Księdze Handlowej/ KPiR/ Ewidencji ryczałtowej, powstałego do danej faktury – dla otwartego formularza dokumentu dostępna tylko wtedy, gdy dokument został zaksięgowany. Odwołanie do zapisu księgowego dostępne jest również poprzez skrót klawiaturowy
Jeżeli jako rodzaj księgowości wybrano Księgowość kontową to z poziomu listy dokumentów na pasku menu dostępna jest ikona 
po naciśnięciu której użytkownik ma możliwość uzupełnienia predekretacji na dokumencie. Okno można również otworzyć po za pomocą skrótu klawiszowego
Jeżeli Użytkownik korzysta z Opisu analitycznego to z poziomu listy oraz z poziomu otwartego formularza dokumentu, na pasku menu dostępna jest ikona 
po naciśnięciu której użytkownik ma możliwość wprowadzenia opisu analitycznego na dokumencie w rejestrze VAT. Okno można również otworzyć po za pomocą skrótu klawiaturowego
Na liście dokumentów pod prawym przyciskiem myszy dostępne są opcje:
- Rozlicz pojedynczo – funkcja umożliwia rozliczenie podświetlonego dokumentu. Funkcja jest aktywna dla dokumentu nierozliczonego, wprowadzonego bezpośrednio do rejestru VAT, nie będącego dokumentem wewnętrznym, jeżeli na formularzu operatora na zakładce [Parametry], na podzakładce [Wspólne] w sekcjiWspólne zaznaczono parametr Rozliczanie/ usuwanie rozliczeń z listy. .Po wyborze opcji Rozlicz pojedynczo należy określić typ dokumentu oraz wskazać rejestr kasowy/bankowy, w którym utworzony zostanie zapis kasowy/bankowy rozliczający dokument. Typ dokumentu jest zawężany do kierunku płatności dokumentu (np. dla dokumentu z rejestru VAT zakupu z kwotą dodatnią, istnieje możliwość wskazania symbolu zdefiniowanego dla wypłaty).
Funkcja Rozlicz pojedynczo w rejestrze VAT
Po wskazaniu rejestru pojawia się formularz zapisu kasowego/bankowego, na który przenoszone są dane:
- do pola Dokument przenoszony jest symbol wskazany przez użytkownika, z możliwością zmiany,
- do pola Data przenoszona jest data wskazana z poziomu Narzędzia/ Data bieżąca, z możliwością zmiany,
- do pola Kwota przenoszona jest kwota pozostająca do rozliczenia. Jeżeli dokument posiada kilka płatności to przenoszona jest kwota pozostająca do rozliczenia z pierwszej płatności o statusie innym niż Nie podlega,
- do pola związanego z podmiotem przenoszony jest podmiot wskazany na dokumencie w polu Domyślny płatnik,
- do pola Opis przenoszony jest opis: Rejestr VAT: [Numer dokumentu] [Opis z nagłówka dokumentu].
- Podczas próby zapisania zapisu kasowego/bankowego, jeżeli za ten okres nie został jeszcze utworzony raport kasowy/bankowy, pojawia się komunikat: Brak otwartego raportu, do którego można dodać zapis. Czy otworzyć nowy raport? Zaakceptowanie powoduje otwarcie formularza raportu, gdzie jako zakres dat domyślnie ustawiany jest okres wskazany na formularzu rejestru kasowego/bankowego. Wybór opcji Tak i zaznaczenie w oknie komunikatu opcji Zapamiętaj odpowiedź i nie pokazuj więcej powoduje, że raporty będą automatycznie dodawane podczas rozliczania kolejnych dokumentów, jeżeli za dany okres czasu nie dodano jeszcze raportu oraz komunikat nie pojawi się ponownie.
- Usuń rozliczenie – funkcja umożliwia usunięcie rozliczenia z podświetlonego dokumentu. Funkcja jest aktywna jeżeli na formularzu operatora na zakładce [Parametry], na podzakładce [Wspólne] w sekcjiWspólne zaznaczono parametr Rozliczanie/ usuwanie rozliczeń z listy W przypadku rejestru VAT funkcja jest aktywna dla dokumentu rozliczonego, wprowadzonego bezpośrednio do rejestru VAT. W przypadku ewidencji dodatkowej funkcja jest aktywna dla dokumentu rozliczonego. W przypadku dokumentu z formą płatności o typie gotówka nie jest usuwany automatycznie utworzony zapis kasowy.
Nie jest usuwane rozliczenie: - zaksięgowane,
- związane z zaksięgowaną różnicą kursową,
- wybrane na nocie odsetkowej,
- wybrane na dokumencie kompensaty,
- powiązane z rozrachunkiem, jeżeli w Konfiguracji Firmy/ Księgowość/ Księgowość kontowa zaznaczono parametr Automatyczne rozliczenia i rozrachunki.