- Wprowadzenie informacji na temat firmy będącej pierwszym źródłem dochodu podatnika oraz parametrów dla poprawnego wyliczenia zaliczki na PIT-36L:
- Nazwa działalności – Konfiguracja firmy/ Dane firmy/ PIT-36, PIT-36L.
- Generowanie płatności – Konfiguracja Firmy/ Księgowość/ Księgowość kontowa.
- Typ działalności – Konfiguracja firmy/ Księgowość/ Działalność.
- Skala podatkowa/Zaokrąglenia – w Konfiguracji Programu/ Księgowość/ Stałe podatkowe oraz Zaokrąglenia.
- Wprowadzenie danych osobowych podatnika, dodatkowych działalności oraz przychodów i kosztów z nich uzyskiwanych, odliczeń od dochodu i podatku przysługujących w danym miesiącu – Ogólne/ Inne/ Wspólnicy/ Kwoty deklaracji. Zaznaczenie odpowiedniego parametru na zakładce PIT-36L Podatnik rozlicza się wg skali liniowej oraz uzupełnienia danych o maksymalnie 4 pozarolniczych działalnościach gospodarczych.
- Jeżeli podatnik korzysta ze zwolnienia z PIT to taką informację należy wprowadzić na formularzu właściciela na zakładce [Nr ident./podatki] (w przypadku pobrania modułu płacowego) lub [Szczegółowe] (w przypadku nie pobrania modułu płacowego).
- Utworzenie zmiennych systemowych pozwalających na przypisanie kont księgowych, z których czerpana jest informacja o przychodach, kosztach uzyskania przychodu oraz limitowanych kosztach reprezentacji i reklamy. Tworzenie zmiennych systemowych odbywa się na poziomie Księgowość/ Zestawienia księgowe/ zakładka Systemowe, gdzie użytkownik ma możliwość wyboru Zestawienia do obliczenia zaliczki na PIT-36/PIT-36L.
Po ustawieniu kursora na Zestawieniu dla zaliczki na PIT-36/PIT-36L należy nacisnąć przycisk 
Pozycje zestawienia, gdzie mamy możliwość wyboru trzech opcji: Przychód firmy, Koszty firmy (bez reprezentacji i reklamy), Koszty reprezentacji i reklamy (limitowane).
Kolejny krok to przypisanie kont księgowych wraz z definicją kwoty. W tym celu należy ustawić się np. na pozycji Przychody firmy i nacisnąć przycisk 
Formularz pozycji lub kombinację klawiszy 
. Po naciśnięciu tego przycisku pojawi się formularz zatytułowany Definicja kwoty. Udostępnia on narzędzia pozwalające na definiowanie wyrażeń.
Formularz Definicja kwoty wyposażono w nieedytowalne pole Kwota, wyświetlające zdefiniowane przez użytkownika wyrażenie arytmetyczne oraz sekcje zatytułowaną Działanie arytmetyczne kolejnych definicji pozwalającą na budowanie wyrażenia. Sekcja zawiera:
- Łącznik – sposób łączenia definicji w obrębie wyrażenia,
- Współczynnik – przeliczenie wartości argumentu wg współczynnika,
- Kwota – na przycisku widoczne są pozycje: Wartość, Funkcje kont, Zestawienie, Funkcje systemowe oraz Zapytanie SQL, Maska.
W przypadku definiowania dla zaliczki na PIT-36L, wybieramy opcje Funkcje kont i, jeżeli definiujemy przychody – wybieramy obroty Ma, jeżeli koszty – obroty Wn, a następnie odpowiednie konto księgowe.
Formularz Pozycje zestawienia
Uwaga
Aby nastąpiło zapamiętanie wyrażenia, po wypełnieniu pól Łącznik, Współczynnik, Kwota, Argument należy wybrać przycisk 
.
Uwaga
Nie zalecamy dodawania w polu Definicja wartości „z ręki”. Należy taką kwotę zaksięgować albo na konto pozabilansowe i wskazać to konto w Definicji albo kwotę uzupełnić na formularzu kwot indywidualnych właściciela z poziomu Ogólne/ Inne/ Właściciele – Lista kwot deklaracji właściciela, zakładka Dz. gospodarcza w dodatkowej działalności.
Uwaga
Na formularzu zaliczki na PIT-36L(6) oraz deklaracji rocznej PIT-36L(16) nie są uwzględniane kwoty zdefiniowane w zestawianiu systemowym PIT-36 w poz. Koszty reprezentacji i reklamy.
Kolejny i ostatni krok to przeliczenie samej zaliczki na PIT-36L