Aby utworzyć deklarację VAT-UE należy przejść na listę deklaracji VAT-UE dostępną z poziomu Rejestry VAT/ Deklaracje VAT-UE. Po naciśnięciu przycisku 
użytkownik powinien wskazać miesiąc i rok, za który ma zostać dodana deklaracja VAT-UE oraz nacisnąć przycisk 
.
Sekcje: C Informacja o wewnątrzwspólnotowych dostawach towarów, D Informacja o wewnątrzwspólnotowych nabyciach towarów oraz E Informacja o wewnątrzwspólnotowym świadczeniu usług na formularzu deklaracji VAT-UE wyliczane są na podstawie dokumentów wprowadzonych do Rejestru VAT. Klasyfikacja dokumentów odbywa się według poniższej tabeli:
| Poz. na VAT-UE | Stawka VAT | Rodzaj faktury | Rodzaj sprzedaży | Rodzaj transakcji | Uwagi |
|---|---|---|---|---|---|
| Sekcja C | wszystkie | Zwykła, Dowód wewnętrzny | Towary, Środki transportu | Wewnątrzunijna, Wewnątrzunijna – trójstronna, Poza terytorium kraju, Poza terytorium kraju (stawka NP), Wewnątrzunijna – podatnikiem jest nabywca, Pozaunijna – podatnikiem jest nabywca | Zaznaczony parametr Rozliczać w VAT-UE |
| Sekcja D | wszystkie | Zwykła, Dowód wewnętrzny | Inne niż Usługi | Wewnątrzunijna, Wewnątrzunijna – trójstronna | Zaznaczony parametr Rozliczać w VAT-UE |
| Sekcja E | NP | Zwykła, Dowód wewnętrzny | Usługi | Wewnątrzunijna, Wewnątrzunijna – trójstronna, Poza terytorium kraju, Poza terytorium kraju (stawka NP), Wewnątrzunijna – podatnikiem jest nabywca, Pozaunijna – podatnikiem jest nabywca | Zaznaczony parametr Rozliczać w VAT-UE |
Sekcja F Informacja o przemieszczeniach towarów w procedurze magazynu typu call-off stock na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju jest przeznaczona do ręcznego uzupełnienia przez użytkownika.
Wysyłka i odbiór UPO dostępne są z formularza deklaracji VAT-UE.
Przycisk Wyślij 
służący do wysyłki do systemu e-Deklaracji staje się aktywny po przeliczeniu deklaracji za pomocą przycisku 
. Po naciśnięciu przycisku Wyślij następuje zablokowanie deklaracji i jej wysłanie. Wysłanie deklaracji VAT-UE do systemu e-Deklaracje jest możliwe za pomocą podpisu kwalifikowanego lub podpisu niekwalifikowanego. Podpis niekwalifikowany jest dostępny tylko dla podatnika będącego osobą fizyczną.
Po wysłaniu deklaracji ikona wysyłki zostaje zamieniona na przycisk Odbierz UPO 
, który służy do odebrania Urzędowego Poświadczenia Odbioru.