Aby utworzyć deklarację VAT-9M należy przejść na listę deklaracji VAT-9M dostępną z poziomu Rejestry VAT/ Deklaracje VAT-9M. Po naciśnięciu przycisku 
użytkownik powinien wskazać miesiąc i rok, za który ma zostać dodana deklaracja VAT-9M oraz nacisnąć przycisk 
.
Kwoty na formularzu deklaracji VAT-9M wyliczane są na podstawie dokumentów wprowadzonych do Rejestru VAT. Klasyfikacja dokumentów odbywa się według poniższej tabeli:
| Poz. na VAT-9M | Stawka VAT | Rodzaj faktury | Rodzaj sprzedaży | Rodzaj transakcji |
|---|---|---|---|---|
| 10, 11 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Eksport, Eksport – zwrot |
| 12, 13 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Wewnątrzunijna Wewnątrzunijna trójstronna |
| 14, 15 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Towary, Śr. transportu | Wewnątrzunijny – podatnikiem jest nabywca Pozaunijny – podatnikiem jest nabywca |
| 16, 17 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Krajowa – podatnikiem jest nabywca |
Wysyłka i odbiór UPO dostępne są z formularza deklaracji VAT-9M.
Przycisk Wyślij 
służący do wysyłki do systemu e-Deklaracji staje się aktywny po przeliczeniu deklaracji za pomocą przycisku 
. Po naciśnięciu przycisku Wyślij następuje zablokowanie deklaracji i jej wysłanie. Wysłanie deklaracji VAT-9M do systemu e-Deklaracje jest możliwe za pomocą podpisu kwalifikowanego lub podpisu niekwalifikowanego. Podpis niekwalifikowany jest dostępny tylko dla podatnika będącego osobą fizyczną.
Po wysłaniu deklaracji ikona wysyłki zostaje zamieniona na przycisk Odbierz UPO 
, który służy do odebrania Urzędowego Poświadczenia Odbioru.