Wystawienie dokumentu Faktura VAT marża jest możliwe z poziomu listy faktur sprzedaży. W menu wyświetlanym po wciśnięciu strzałki obok przycisku dostępna jest opcja Faktura VAT marża
Faktury sprzedaży i faktura VAT marża są widoczne na jednej liście. Można je rozróżnić wykorzystując odrębne schematy numeracji. Na liście faktur znajduje się także parametr Faktura marża umożliwiający wyfiltrowanie tylko faktur VAT marża (zaznaczona tylko opcja TAK).
Zasady wystawiania faktur VAT Marża są podobne jak w trakcie wystawiania faktury sprzedaży, za wyjątkiem:
- Dla wpisanych pozycji automatycznie ustawiana jest stawka VAT NP. – nie podlega bez względu na status kontrahenta.
- Dla faktur VAT marża w walucie obcej nie są dostępne parametry związane z naliczaniem podatku VAT: Naliczaj VAT, Płatność VAT w PLN.
- Do faktur VAT marża nie można wystawiać dokumentów korygujących VAT (tylko korekty ilościowe i wartościowe).
Dodatkowo z poziomu zakładki Kontrahent możliwy jest wybór podstawy stosowania procedury marży z czterech dostępnych:
- Procedura marży dla biur podróży,
- Procedura marży – towary używane,
- Procedura marży – dzieła sztuki,
- Procedura marży – przedmioty kolekcjonerskie i antyki.
Informacja ta będzie przenoszona na wydruk faktury.
Na wydruku dokumentu wykazane są jedynie kwoty brutto, bez podsumowania w tabeli VAT.
W programie Comarch ERP Optima nie ma możliwości wystawienia zaliczkowej faktury VAT marża.
Jeżeli do dokumentu zostanie dodany co najmniej dokument OBD z załącznikiem, na formularzu faktury po prawej stronie pojawi się przycisk 
Podgląd dokumentu z biblioteki. Po kliknięciu przycisku w oknie z lewej strony formularza wyświetlany jest podgląd załącznika. Jeśli załączników jest więcej niż jeden, wówczas po naciśnięciu przycisku, wyświetlana jest lista powiązanych dokumentów wraz z załącznikami do wyboru. Domyślnie w oknie podglądu wyświetlany jest pierwszy plik z listy. Funkcja została opisana w artykule Współpraca z innymi modułami systemu Comarch ERP Optima.