Usługa Comarch OCR&KSeF nie pozwala na wprowadzenie kilka razy tego samego dokumentu. Przy rozpoznawaniu dokumentów następuje kontrola duplikacji, która sprawdza, czy w bazie danych znajduje się już dokument o takich samych danych:
- numer dokumentu,
- numer NIP,
- kwota netto,
- data wystawienia.